蛋白質相互作用質譜分析

在過去的幾十年中，以質譜(MS)為基礎的蛋白質組學已經成爲鑑定蛋白質-蛋白質相互作用分析(PPIs)的重要技術。蛋白質透過與其它蛋白質或化合物相互作用，形成大分子化合物，從而發揮生物學功能。對蛋白質相互作用的研究能夠幫助我們更好的理解蛋白質。當透過IP, CO IP或GST pull-down等蛋白質相互作用分析手段，獲得靶標蛋白後，透過質譜分析方法對該蛋白進行分析，鑑定及定量，能夠對相互作用蛋白進行表徵，進一步對蛋白質功能進行分析。親和純化結合質譜分析（Affinity purification combined with mass spectrometry, AP-MS）則允許在特定生理條件下無偏差的對相互作用蛋白進行檢測。一種做法是利用SILAC方法分別標記實驗組和對照組細胞後進行Co-IP實驗，依靠抗原與抗體之間的專一性反應分離得到免疫複合物；再透過LC-MS/MS來定性/定量檢測免疫複合物中的蛋白；當實驗組與對照組中某個蛋白質的含量達到統計學差異時，判定這個蛋白質與研究的蛋白具有相互作用，可極大降低蛋白質互作假陽性結果可能性。SILAC技術和Co-IP-MS技術結合可用於高通量定量分析在特定情況下蛋白的互作蛋白網。

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免疫共沉澱法（CO-IP）結合質譜聯用的蛋白互作分析
對Pull-down實驗捕獲到的細胞中相互作用較低、丰度低的靶蛋白進行質譜鑑定：GST融合蛋白Pull-down技術結合質譜聯用的蛋白互作分析
用於高通量定量分析在特定生理條件下蛋白的互作蛋白網路分析：SILAC與免疫共沉澱結合質譜聯用的蛋白互作分析

蛋白質相互作用質譜分析

質譜鑑定相互作用蛋白的兩個常用方法是肽指紋圖譜分析法（peptide fingerprinting）和鳥槍法蛋白質組學分析法（shot-gun proteomics）。肽指紋圖譜分析法，透過SDS-PAGE，對蛋白樣品進行分離。聚丙烯醯胺凝膠可以是考馬斯亮藍（coomassie）和銀染條帶。但是需要樣品條帶是單一條帶，即只含有一個蛋白條帶。將切下來的蛋白條帶用酶進行消化後，透過質譜進行分析。這些消化後得到的肽段進行質譜分析後，透過與理論資料庫進行比對的方式，生物資訊學分析拼接得到目的蛋白的資訊。肽指紋圖譜法的一些侷限性在於，該方法需要在切膠過程中得到單一的蛋白條帶，如果有雜帶將會影響檢測的準確性，因為雜帶中的蛋白資訊可能會掩蓋真實的目的蛋白的資訊。因此比較適用於較純的蛋白樣品的鑑定。而鳥槍法蛋白質組學分析法的強大之處在於，鳥槍法可以對蛋白混合物進行分析。

鳥槍法蛋白質組學的原理是先將蛋白質樣品消化成肽段，然後將肽段透過高效液相色譜(HPLC)法進行分離。分離後的肽段直接進入質譜儀進行分析。質譜分析包括了兩個過程，一級質譜（MS1）及二級質譜（MS2）。一級質譜獲取高效液相色譜MS1中洗脫的肽的質量-電荷比（m/z）和肽的強度（intensity）；二級質譜透過對肽段氨基酸序列進行確定，MS2選擇單個肽段對其進行萃裂從而得到該肽段的光譜資料。檢索軟體根據二級質譜資訊與相應的資料庫比對，結合匹配度打分及錯配過濾，可得到肽段的確切序列，進而拼接出各蛋白的完整序列，從而實現對蛋白的鑑定。

百泰派克生物科技既可以為您蛋白相互作用分析實驗後的蛋白樣品進行檢測，也可以您寄來樣品，百泰派克生物科技提供一站式互作蛋白檢測，包括蛋白互作實驗，IP, CO IP, GST pull-down到蛋白樣品質譜分析一站式完成。您只需要將您的需求和樣品寄給我們，我們會負責專案後續所有事宜，包括樣品前處理、蛋白互作實驗、質譜分析、質譜原始資料分析。

蛋白質相互作用質譜分析

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