蛋白質結構鑑定
自下而上蛋白組學分析策略的應用受到選擇性剪接形式的不完全或模糊表徵、多樣的翻譯後修飾和內源性蛋白質裂解的限制。隨著分析工具的進步，自上而下的策略得到了更多的應用。除了FT-ICR質譜儀外，orbitrap質譜儀的發明和創新推動了自上而下蛋白質組學的發展。
蛋白質結構鑑定
由於蛋白質在分析前不需要消化，採用自上而下的策略可以保持和檢測採用鳥槍法時丟失的資訊，如含二硫鍵的四級結構，這是自上而下法在蛋白質水平上表徵二硫鍵等翻譯後修飾的獨特優勢。也使自上而下法在如胰島素等蛋白質治療劑QC分析重組蛋白是否正確表達、摺疊和組裝中得到越來越多的應用。
百泰派克生物科技採用Thermo Fisher的Orbitrap Fusion Lumos質譜平臺結合nanoLC-MS/MS納升色譜，提供自上而下的蛋白質結構表徵服務。
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