單克隆抗體從頭測序
單克隆抗體分子在藥物研發、診斷試劑開發中扮演了關鍵的角色。抗體分子本身的一級結構,特別是其CDR區域的氨基酸序列是發揮其生物學功能的核心,對其完整序列準確快速的分析具有十分重要的意義。例如對市場上已有的抗體產品直接進行序列分析是開發抗體藥物,抗體診斷試劑和其它抗體產品的捷徑;許多商業可得的抗體對於藥物靶點有中和活性,透過單抗序列測定得到該抗體的一級序列,可以以此為基礎可進行抗體親和力提升和人源化來開發抗體藥物;在進行抗體仿製藥物研發過程中,原研藥本身準確的一級結構資訊是進行抗體仿製藥研發的基礎和前提。
百泰派克公司基於先進的高解析度質譜儀Obitrap Fusion Lumos,結合豐富的生物資訊學分析經驗,建立了全新一代抗體測序平臺,實現對抗體一級結構快速準確的分析。該平臺適用於不同亞型抗體(例如IgG和IgM)和不同型別抗體(熒光偶聯抗體,固定化抗體,不同物種的抗體)的序列分析。
在進行抗體序列測定過程中百泰派克會選擇5種不同的蛋白酶進行酶切,利用不同酶切肽段之間的互補性實現抗體分子輕重鏈100%全序列的拼接。而對於抗體核心區域CDR序列在進行序列分析過程中要求至少被鑑定到10次,以此來充分保證測序結果的準確性(如下圖所示)。
2. 先進的數據處理演算法
百泰派克基於發表在Nature Biotechnology和專業的蛋白組學雜誌JPR上的文獻,結合現有的專業進行抗體序列分析的軟體PEAKS Mass Spectrometry Software,開發了自己的質譜原始資料計算方法,採用寬進窄出的原則,在不遺漏任何有效資料資訊的同時實現了抗體序列的準確鑑定。
3. 高精度和準確性
百泰派克在測序過程中會使用目前解析度和高靈敏度Orbitrap Fusion Lumos質譜儀;與老一代的質譜儀(例如Obitrap Elite、Q Exactive等)相比,Lumos在提高了一級二級質譜掃描速度的同時保證肽段分子量的準確性;一級質譜掃描速度的提高,有助於同一個肽段可以更多次的被鑑定到,提高了結果的可信性;二級質譜掃描速度的提高可以更好的進行片段碎裂(如下圖所示),從而保證結果的準確性,並可以透過二級碎裂片段的特徵峰實現亮氨酸和異亮氨酸的準確判定。
4. 可對多種亞型和不同型別的抗體進行測序
我們建立的技術平臺不受小基團(如FITC、Biotin、Alexa)的影響,雖然較大的蛋白基團會給測序帶來難度,但若提供較高濃度的蛋白仍可成功測序。
5. 嚴謹的序列預測和嚴格的序列驗證
我們對測序的結果會首先進行序列的預測,標明抗體的CDR區域(如下圖所示);同時,我們還會以測定的序列建立新的資料庫,採用Sequence Confirmation的模式對採集到的質譜資料再次進行分析,只有完全匹配的結果我們纔會提供給客戶。
1. 實驗步驟(中英文)
2. 相關的質譜引數(中英文)
3. 質譜圖片
4. 原始資料
5. 肽段序列資訊
6. 抗體序列資訊
百泰派克公司基於先進的高解析度質譜儀Obitrap Fusion Lumos,結合豐富的生物資訊學分析經驗,建立了全新一代抗體測序平臺,實現對抗體一級結構快速準確的分析。該平臺適用於不同亞型抗體(例如IgG和IgM)和不同型別抗體(熒光偶聯抗體,固定化抗體,不同物種的抗體)的序列分析。
單克隆抗體從頭測序服務流程
單克隆抗體從頭測序服務優勢:
1. 單抗輕重鏈肽段全序列覆蓋在進行抗體序列測定過程中百泰派克會選擇5種不同的蛋白酶進行酶切,利用不同酶切肽段之間的互補性實現抗體分子輕重鏈100%全序列的拼接。而對於抗體核心區域CDR序列在進行序列分析過程中要求至少被鑑定到10次,以此來充分保證測序結果的準確性(如下圖所示)。
單克隆抗體從頭測序2
2. 先進的數據處理演算法
百泰派克基於發表在Nature Biotechnology和專業的蛋白組學雜誌JPR上的文獻,結合現有的專業進行抗體序列分析的軟體PEAKS Mass Spectrometry Software,開發了自己的質譜原始資料計算方法,採用寬進窄出的原則,在不遺漏任何有效資料資訊的同時實現了抗體序列的準確鑑定。
3. 高精度和準確性
百泰派克在測序過程中會使用目前解析度和高靈敏度Orbitrap Fusion Lumos質譜儀;與老一代的質譜儀(例如Obitrap Elite、Q Exactive等)相比,Lumos在提高了一級二級質譜掃描速度的同時保證肽段分子量的準確性;一級質譜掃描速度的提高,有助於同一個肽段可以更多次的被鑑定到,提高了結果的可信性;二級質譜掃描速度的提高可以更好的進行片段碎裂(如下圖所示),從而保證結果的準確性,並可以透過二級碎裂片段的特徵峰實現亮氨酸和異亮氨酸的準確判定。
單克隆抗體從頭測序3
4. 可對多種亞型和不同型別的抗體進行測序
我們建立的技術平臺不受小基團(如FITC、Biotin、Alexa)的影響,雖然較大的蛋白基團會給測序帶來難度,但若提供較高濃度的蛋白仍可成功測序。
5. 嚴謹的序列預測和嚴格的序列驗證
我們對測序的結果會首先進行序列的預測,標明抗體的CDR區域(如下圖所示);同時,我們還會以測定的序列建立新的資料庫,採用Sequence Confirmation的模式對採集到的質譜資料再次進行分析,只有完全匹配的結果我們纔會提供給客戶。
單克隆抗體從頭測序4
中/英文專案報告
在技術報告中,百泰派克生物科技會為您提供詳細的中英文雙語版技術報告,報告包括:1. 實驗步驟(中英文)
2. 相關的質譜引數(中英文)
3. 質譜圖片
4. 原始資料
5. 肽段序列資訊
6. 抗體序列資訊
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