16S/18S/ITS擴增子測序
擴增子測序是對特定長度的PCR產物或者捕獲的片段進行測序,目前主要是應用高通量測序技術對特定環境中特定遺傳物質進行測序。大多數天然微生物都不能透過傳統的分離培養方法進行分離和克隆,這對於天然微生物定性和定量,探索微生物多樣性是嚴重的挑戰。擴增子測序可以克服傳統分離培養的弱點,對樣品中的微生物進行定性和定量,目前在微生物多樣性檢測中廣泛應用。
16S和18S rDNA是細菌和真菌中16s或18s rDNA基因的高變區,而ITS(Internal Transcribed Spacer)則是細菌、真菌和古細菌中小亞基和大亞基rRNA基因之間的間隔區DNA。這些特定的遺傳物質都包括進化保守性及進化可變區。由於PCR擴增容易,可以從少量DNA中擴增出來,而基因序列即使在近緣種間也有高度的變異,因而擴增子測序在分類學和分子系統學中得到了廣泛的應用。
根據研究目的不同擴增子測序可細分為如下幾個產品型別:
16S rDNA測序:16S rDNA是編碼16S rRNA的基因,存在於所有細菌基因組。16S rDNA既能體現不同菌屬之間的差異,又能利用測序技術較容易地得到其序列,目前被廣泛用於病原菌的檢測和鑑定。16S rRNA的可變區經常用於不同微生物群落的屬或種系統進化分類。
18S rDNA測序:18S rDNA為編碼真核生物核糖體小亞基rRNA的DNA序列。在結構上分為保守區和高變區,保守區反映生物物種間的親緣關係,高變區反映物種間的差異,18S rDNA在進化速率上相對於ITS更加保守。
ITS測序:在真核生物中,18S rDNA和28S rDNA轉錄間隔序列稱為ITS區。ITS由於是非轉錄區,承受的選擇壓力較小,變異強。ITS屬於中度保守區域,利用它可研究種及種以下的分類階元。
擴增子測序技術優勢:
鑑定效率高:與克隆或培養等傳統鑑定方法相比,微生物群16S/18S/ITS測序是一種更快、更準確的方法;
雙區檢測:針對一個或多個可變區域的靈活性,能夠進行更長的序列讀取,並能夠對菌落進行更準確的分析;
較低的成本:與宏基因組測序相比,對測序深度的要求更低,價效比較高;
高靈敏度:可以鑑定出丰度極低的細菌。
擴增子測序實驗流程:
擴增子測序分析流程:
擴增子測序服務優勢:
經驗豐富的技術人員,可以提供從實驗設計、樣品檢測、資料分析等全套專業服務;
流程明確,減少不必要的樣品和時間浪費,交付時間短;
不同來源樣本採用不同提取方法和建庫測序策略,滿足多種環境研究需求;
百泰派克生物科技擁有蛋白組、代謝組等分析平臺,可進行多組學整合分析,提升文章質量。
擴增子測序樣品要求:
樣品型別:Meta樣品,如糞便、土壤等或Meta DNA樣品均可進行檢測。具體要求請諮詢技術人員。
擴增子測序案例展示:
16S和18S rDNA是細菌和真菌中16s或18s rDNA基因的高變區,而ITS(Internal Transcribed Spacer)則是細菌、真菌和古細菌中小亞基和大亞基rRNA基因之間的間隔區DNA。這些特定的遺傳物質都包括進化保守性及進化可變區。由於PCR擴增容易,可以從少量DNA中擴增出來,而基因序列即使在近緣種間也有高度的變異,因而擴增子測序在分類學和分子系統學中得到了廣泛的應用。
根據研究目的不同擴增子測序可細分為如下幾個產品型別:
16S rDNA測序:16S rDNA是編碼16S rRNA的基因,存在於所有細菌基因組。16S rDNA既能體現不同菌屬之間的差異,又能利用測序技術較容易地得到其序列,目前被廣泛用於病原菌的檢測和鑑定。16S rRNA的可變區經常用於不同微生物群落的屬或種系統進化分類。
18S rDNA測序:18S rDNA為編碼真核生物核糖體小亞基rRNA的DNA序列。在結構上分為保守區和高變區,保守區反映生物物種間的親緣關係,高變區反映物種間的差異,18S rDNA在進化速率上相對於ITS更加保守。
ITS測序:在真核生物中,18S rDNA和28S rDNA轉錄間隔序列稱為ITS區。ITS由於是非轉錄區,承受的選擇壓力較小,變異強。ITS屬於中度保守區域,利用它可研究種及種以下的分類階元。
擴增子測序研究物件
擴增子測序技術優勢:
鑑定效率高:與克隆或培養等傳統鑑定方法相比,微生物群16S/18S/ITS測序是一種更快、更準確的方法;
雙區檢測:針對一個或多個可變區域的靈活性,能夠進行更長的序列讀取,並能夠對菌落進行更準確的分析;
較低的成本:與宏基因組測序相比,對測序深度的要求更低,價效比較高;
高靈敏度:可以鑑定出丰度極低的細菌。
擴增子測序實驗流程:
擴增子測序實驗流程
擴增子測序分析流程:
擴增子測序分析流程
擴增子測序服務優勢:
經驗豐富的技術人員,可以提供從實驗設計、樣品檢測、資料分析等全套專業服務;
流程明確,減少不必要的樣品和時間浪費,交付時間短;
不同來源樣本採用不同提取方法和建庫測序策略,滿足多種環境研究需求;
百泰派克生物科技擁有蛋白組、代謝組等分析平臺,可進行多組學整合分析,提升文章質量。
擴增子測序樣品要求:
樣品型別:Meta樣品,如糞便、土壤等或Meta DNA樣品均可進行檢測。具體要求請諮詢技術人員。
擴增子測序案例展示:
擴增子測序案例展示
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