代謝組學FAQ彙總
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• 臨牀樣本的血清代謝組學取樣本，最低多少例？有什麼參考依據嗎？
對於臨牀樣本的血清代謝組學研究，樣本數量的確定取決於多種因素，包括研究目的、研究設計、統計功效分析、樣本異質性、以及經費和資源的可用性。目前沒有統一的最低樣本量標準，但以下幾點是確定樣本數量時需要考慮的關鍵因素： 1.研究目的和設計： 初步探索性研究可能需要較少的樣本量，而旨在驗證特定假設
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• 一般是用PLS-DA還是OPLS-DA來分析模型的預測能力，我見過文獻兩個都有寫，不懂應該用哪個。
在選擇PLS-DA（偏最小二乘判別分析）和OPLS-DA（正交偏最小二乘判別分析）來分析模型的預測能力時，考慮因素包括數據的特性和研究的具體需求。這兩種方法都是用於多變量統計分析，尤其在代謝組學和化學計量學領域中廣泛應用，但它們有一些關鍵的區別： 1.PLS-DA: 一種監督性學習方法，
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• 如果是小樣本量做出來的OPLS-DA中的Q2Y只有0.2左右，能用嗎？
Q2Y值是評估OPLS-DA模型預測性能的一個關鍵參數，代表交叉驗證預測性的指標。 1.Q2Y值的解釋： 在OPLS-DA中，Q2Y值通常用於評估模型的預測能力。一個高的Q2Y值（接近1）表示模型具有良好的預測性能，而低的Q2Y值則表明預測性能較差。通常，Q2Y值大於0.5被認爲是可接受的
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• OPLS-DA置換檢驗中R2有0.93，而且斜率是負的，能用嗎？
在OPLS-DA中，R2值衡量模型對數據變異性的解釋程度。一個R2值爲0.93意味着模型能夠解釋數據93%的變異性。這通常被認爲是一個很高的值，暗示模型擁有很好的解釋能力。 在做置換檢驗（permutation test）時，通常會生成一個模型參數（如R2或Q2）與隨機置換次數的關係圖。在
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在脂質代謝組學研究中，細胞樣品的收集和保存是一個關鍵過程，因爲樣品的狀態直接影響到實驗結果的準確性和可靠性： 1.快速冷凍: 一旦收集，將細胞樣品置於液氮中或者在-80°C的冰箱中快速冷凍，防止代謝活動的變化。 2.儲存條件: 冷凍後的樣品應儲存在低溫環境中，通常是-80°C。這有助於保
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提取去氧糖連在一起的多糖是一個涉及生物化學和化學工程的複雜過程。爲了極大化多糖的提取，可以採取以下幾種策略： 1.原料選擇和預處理： 選擇富含目標多糖的生物材料，如某些植物或微生物。 使用物理方法（如研磨、超聲波處理）破壞原料細胞壁，增加去氧糖多糖的可及性。 採用酶預處理，特別是使用能分
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真空乾燥後多糖難以溶於水的問題可能是由於其分子結構或乾燥過程中形成的物理性質所致。可以嘗試以下方法來改善其溶解性： 1.物理改性： 在溶解前，將多糖粉末進行細緻研磨，以增加其表面積，有助於提高溶解速度。 使用超聲波處理，超聲波可以促進水分子與多糖之間的相互作用，提高溶解速度。 2.化
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在離子組學研究中，篩選出差異顯著的離子後，常用以下幾種統計圖來展現結果： 1.火山圖（Volcano Plot）： 這種圖展示了離子的顯著性（通常是p-value）與效應大小（比如，對照組與實驗組的比值）之間的關係。火山圖能夠一目瞭然地顯示出那些差異顯著且效應大小較大的離子。 2.箱線圖
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• 做非靶向代謝，能得到組間上調/下調了百分之多少嗎，還是隻能得到上調/下調？
在非靶向代謝組學研究中，研究者不僅能夠識別出哪些代謝物水平發生了變化，還能定量這些變化的程度。這些數據通常通過比較不同樣本（如疾病狀態與健康狀態，或者不同處理組之間）的代謝物丰度得到——通過對照品（內標或外標）的使用來進行定量分析，進而估計代謝物含量的相對上調或下調百分比。 百泰派克生物科
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膽汁酸相關的qPCR（定量聚合酶鏈反應）實驗主要用於研究膽汁酸合成、代謝相關基因的表達。膽汁酸合成涉及多個酶的參與，包括膽固醇7α-羥化酶（CYP7A1），膽固醇27-羥化酶（CYP27A1），12α-羥化酶（CYP8B1）等。不同的基因對應的qPCR引物也不同。以下是這些基因的部分常用引物
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