代謝組學FAQ彙總
-
多糖甲基化的GC-MS（氣相色譜-質譜）檢測是一個用於鑑定和定量甲基化多糖樣本中的單體成分的方法。其基本流程可以概括爲樣品的甲基化、氣相色譜分離和質譜檢測。 一、解析和比對步驟： 1.數據獲取: 從GC-MS儀器中獲得原始的色譜和質譜數據。 2.峯值檢測: 利用軟件工具，如NIST、M
-
• 請問文章中列出的通路是挑自己需要的通路列出的還是要根據p值大小啥的列嗎？前面都是疾病相關的
在文章中列出的通路選擇方式是一個關鍵決策點，決定了結果的解釋和文章的關注點。 一、通路選擇的準則： 文章中列出的通路有以下幾種選擇方式： 1.基於生物學意義的選擇： 即根據疾病或生物過程的已知背景信息來選擇相關通路。例如，在癌症研究中，可能會特別關注與細胞週期、凋亡等已知與癌症密切相關的
-
以下是使用SIMCA進行PLS-DA的基本操作流程： 1.數據導入： 打開SIMCA軟件。 選擇“新建項目”或“打開已有項目”。 導入待分析的數據，可以是Excel文件、文本文件等。 2.數據預處理： 檢查數據中是否有缺失值，如果有，進行填充或排除。 進行數據標準化或歸一化，這樣可
-
• PLS-DA/OPLS-DA二維圖的數據總是不出，怎麼回事呢
如果您遇到PLS-DA/OPLS-DA二維圖時出不來的情況，可以考慮以下幾個原因： 1.數據預處理： 確保您的數據已經進行了適當的歸一化、均值中心化或縮放等預處理步驟。 2.模型參數： 確保爲PLS-DA或OPLS-DA選擇了正確的參數設置。例如，組件數量或模型複雜度可能需要調整。 3
-
非靶向代謝組學研究通常涉及從生物樣品中檢測大量的代謝物，而其中許多代謝物可能來自於生物體內（內源性）或生物體外（外源性）。當試圖確定代謝物的來源時，可以參考以下方法和建議： 1.對照實驗： 在設計實驗時，可以考慮設置對照組，例如，不含特定外源性化合物的對照組，以幫助鑑別是否有代謝物來自於這
-
• 非靶向代謝組學是不是隻關注內源性代謝物呢？如果在代謝物較少的情況下鑑定出非內源性代謝物，結果要不要放進文章中呢？
非靶向代謝組學（Untargeted Metabolomics）是一種全面、不偏見地探測樣品中所有可檢測的代謝物的方法。這種方法不僅僅侷限於內源性代謝物，還可以探測外源性代謝物，例如藥物、食品添加劑、環境毒素等。 如果在代謝物較少的情況下鑑定出非內源性代謝物，是否將其放入文章取決於研究的目
-
PSL-DA/OPLS-DA二維圖通常是通過專業的統計和數據分析軟件生成的。常用的軟件工具主要包括： 1.R 語言： R 語言是一個強大的統計計算和圖形化軟件，通過使用“mixOmics”包或“ropls”包等，它可以執行PLS-DA和OPLS-DA分析，並生成二維圖。 2.Metabo
-
• KEGG通路分析中P值校正後的FDR是表示富集程度高還是p值小，我只知道圓點大表示蛋白質數量多，不太懂FDR的意思
FDR是多重假設檢驗中的一個概念，用於控制錯誤發現的比率。在進行大量的假設測試時（例如，檢查數千個基因是否與某種疾病相關），我們可能會得到許多統計上顯著的結果，但其中一些可能只是偶然的。爲了控制這種假陽性，我們使用FDR。它的值在0到1之間，FDR越低，表示通路富集的信度越高。 所以，FD
-
提取細胞多糖是一個涉及多個步驟的複雜過程，這些多糖是細胞壁的重要組成部分，特別是在植物和某些微生物中。以下是一般的細胞多糖的提取步驟，但請注意，根據特定的細胞類型和所需的多糖類型，這些步驟可能需要適當調整： 1.細胞收集與準備： 從所選擇的組織或培養物中收集細胞。確保在收集和處理樣品的過程
-
對於是否可以使用14kDa的透析袋處理氧化後的多糖高碘酸鈉，這主要取決於氧化後產物的分子大小、所需分離的物質類型以及您試圖移除或保留的特定組分。14kDa的透析袋意味着它只能阻止大於14kDa的分子，而任何小於這一分子量的物質都可以穿過透析膜。 如果氧化後的多糖高碘酸鈉的主要組分大於14k
How to order?
