多組學分析FAQ彙總

• • 轉錄組測序——我的實驗需要多少次讀數？

  所需的讀取次數取決於基因組大小、已知基因的數量和轉錄本。通常，我們建議小基因組（例如細菌）每個樣本讀取500萬至1000萬次，大基因組（例如人類、小鼠）每個樣本讀取2000萬至3000萬次。中等基因組通常取決於項目，但我們通常建議每個樣本進行1500萬至2000萬次讀取。對於從頭轉錄組組裝項

• • RNA-Seq項目有哪些生物信息學服務？

  我們爲所有項目提供FASTQ文件的原始數據。我們還擁有先進的生物信息學能力，可提供可選的數據分析服務，包括： 標準RNA分析包：圖譜、差異基因表達、可變剪接和基因本體分析； 基因融合發現； SNP/INDEL檢測； 新轉錄本發現； 無參考的序列的從頭轉錄組組裝。相關服務:多組學整合分析

• • 單細胞RNA-Seq與標準RNA-Seq和超低輸入RNA-Seq有何不同？

  標準RNA-Seq產生所有細胞平均轉錄狀態的代表性快照。傳統RNA-Seq需要注意的是單個細胞和細胞亞羣的分辨率的丟失。單細胞RNA-Seq使研究人員不僅可以鑑定細胞亞羣，還可以在異質樣品中的單細胞水平上進行全面查詢。 與標準RNA-Seq類似，超低輸入RNA-Seq提供整個細胞羣的批量表達

• • RNA-Seq使用哪些測序平臺？

  標準（Standard）、鏈特異性（Strand-Specific）、單細胞（Single-Cell）、小型（Small）和超低輸入（Ultra-Low Input）RNA-Seq在Illumina平臺上使用短讀測序，例如NovaSeq和HiSeq。Iso-Seq在PacBio Sequel

• • 基於Illumina的RNA-Seq與PacBio上的Iso-Seq相比如何？

  一般來說，當對定性終點感興趣時，Iso-Seq優於Illumina方法，例如選擇性剪接、選擇性多聚腺苷酸化、基因組註釋和新轉錄本檢測。對於定量評估（例如，一個樣本中轉錄本A與B的表達，或樣本1與樣本2中轉錄本C的表達），推薦使用短讀方法，因爲可以獲得更多的讀取次數。相關服務:多組學整合分析

• • 你們能從相同的總RNA樣本中製備出小RNA庫和標準RNA庫嗎?

  可以，如果提供足夠的材料並且總RNA樣本中含有小RNA。由於Standard RNA- seq和Small RNA- seq使用不同的文庫製備方法，所以必須對總RNA樣本進行拆分。相關服務:多組學整合分析

• • 轉錄組測序——你們保留樣品多長時間?

  項目完成後我們保留樣品1年。相關服務:多組學整合分析

• • 什麼是多組學？

  多組學（multiple omics）爲發現跨多個生物學層次的動力提供了一個綜合視角。這種生物學分析方法將基因組數據與轉錄組學、表觀遺傳學和蛋白質組學等其他模式的數據相結合，以測量基因表達、基因激活和蛋白質水平。 多組學分析研究有助於更全面地瞭解正常發育、細胞反應和疾病的分子變化。使用綜合組

• • 在轉錄組測序數據中，以下術語是什麼意思？

  1.Total genes：這是指在樣本中檢測到的總基因數。基因是DNA上的特定區域，可以編碼一個或多個蛋白質。 2.Total isogenes：這是指在樣本中檢測到的總同源基因數。同源基因（或被稱爲轉錄本）是來自同一基因的不同轉錄結果，這些結果可能因剪接、啓動位點的

• • 轉錄組如何能夠快速地挑選與我研究方向相關的差異基因，做qpcr驗證呀？

  挑選與研究方向相關的差異基因進行qPCR驗證，首先需要進行一系列的分析步驟來確定可能的候選基因。以下是一種可能的方法： 1.差異表達分析：在RNA-seq分析流程中，已經使用瞭如DESeq2，edgeR等工具進行了差異表達基因分析。這一步會得到一份差異表達基因的列表，這