蛋白質相互作用網絡分析

STRING是收錄多個物種預測的和實驗驗證的蛋白質-蛋白質互作的資料庫，包括直接的物理互作和間接的功能相關。結合差異表達分析結果和資料庫收錄的互作關係對，構建差異表達蛋白互作網路。分析過程中將差異表達蛋白對映到STRING資料庫中，獲得差異蛋白的相互作用關係資訊。由於STING資料庫除了包含有實驗資料、從PubMed摘要中文字挖掘的結果和綜合其他資料庫資料外，還有利用生物資訊學的方法預測的結果，我們從搜索結果中篩選出綜合打分大於0.4（Medium）的蛋白互作關係對，並採用合適的生物資訊學分析軟體對相互作用結果進行視覺化。結果如圖所示:




圖1 差異表達蛋白互作資訊不同來源的證據（Evidence）



差異表達蛋白互作資訊不同來源的證據(Evidence)2



圖2 差異表達蛋白互作強度資訊圖（Confidence）

注：圓圈（node)表示蛋白質，不同顏色表示不同的蛋白質，圓圈裏是蛋白的三維結構。直線表示蛋白質之間的相互作用關係。線越粗表示二者的互作關係越強。暗色的線表示在evidence view的圓中有關係，但在actions圖中沒有關係。



圖3 差異表達蛋白之間不同的作用模式（Actions）



差異表達蛋白之間不同的作用模式(Actions)2