組蛋白乙酰化修飾質譜分析
- 從細胞或組織中提取組蛋白。
- 使用酶(如胰蛋白酶或脂肪酶)對組蛋白進行消化,得到組蛋白的肽段。
- 利用具有親和性的抗體或其他方法來富集含有乙醯化修飾的肽段。
- 使用液相色譜-串聯質譜(LC-MS/MS)對富集後的樣品進行分析。
- 質譜儀能夠準確地鑑定和定量含有乙醯化修飾的肽段。
- 使用專門的質譜數據處理軟體,如MaxQuant、Skyline或其他工具,對資料進行處理,鑑定乙醯化修飾位點,並進行定量分析。
- 可進行生物資訊學分析,包括功能、通路和網路分析,以揭示乙醯化在生物過程中的作用。
- 對於關鍵或研究重點的乙醯化位點,可使用其他方法(如免疫印跡、免疫熒光染色等)進行驗證。
- 樣品處理過程中需要儘量避免蛋白質的降解或非特異性修飾的發生。
- 因為乙醯化修飾是可逆的,所以在樣品處理過程中需要儘快,並避免長時間的暴露在非生理條件下。
組蛋白乙醯化是一種重要的蛋白翻譯後修飾(PTM),在基因表達調控、染色質重塑和其他細胞功能中起到關鍵作用。質譜技術已經成爲鑑定和定量組蛋白乙醯化修飾的重要工具。以下簡述了組蛋白乙醯化質譜分析的基本流程:
1.樣品準備:
2.乙醯化肽段的富集:
3.液質聯用分析:
4.數據處理和分析:
5.實驗驗證:
6.注意事項:
圖1
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