蛋白定量組學與磷酸化蛋白質組學聯合分析
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樣本準備：從細胞或組織中提取蛋白質樣本。
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蛋白質消化：將蛋白質樣本消化成較小的肽段，以便於後續分析。
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蛋白質定量：使用質譜技術，如液相色譜-串聯質譜（LC-MS/MS），來量化樣本中的蛋白質。
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磷酸化位點鑑定：透過特定的富集方法，如親和層析，來分離和鑑定磷酸化蛋白質或磷酸化肽段。
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資料分析：使用生物資訊學工具來分析質譜資料，以鑑定蛋白質表達的變化和磷酸化事件。
定量蛋白組學與磷酸化蛋白質組學聯合分析是一種綜合利用多種生物資訊學和實驗技術來研究細胞或生物樣本中的蛋白質表達和磷酸化狀態的方法。
1、定量蛋白組學：
定量蛋白質組學通常使用質譜技術，如液相色譜-質譜聯用（LC-MS）。透過將樣本中的蛋白質消化成肽段，並使用質譜儀測定這些肽段的質譜峰，可以確定每種蛋白質的相對丰度。這可以用於比較不同條件下蛋白質的表達水平，例如對照組與實驗組之間的差異。
圖1. 定量蛋白組分析
2、磷酸化蛋白質組學：
這是研究蛋白質磷酸化狀態的方法。磷酸化是一種常見的蛋白質修飾方式，可以調控蛋白質的活性、穩定性和相互作用。磷酸化蛋白質組學透過使用質譜技術來鑑定和定量磷酸化位點，以及確定哪些蛋白質受到磷酸化的影響。
圖2. 酸化定量蛋白組學分析流程
這種聯合分析通常包括以下幾個步驟：
此外，比較健康和病理狀態下的蛋白質和磷酸化模式，能夠深入瞭解細胞訊號傳導、疾病機制和藥物作用的分子基礎，識別出潛在的生物標誌物或疾病治療靶點。
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