多組學分析FAQ彙總

• • 做轉錄組是相對定量對不對，能得到組間差異“處理後的比處理前的上調了20%”這種結果描述嗎

  轉錄組分析可以是定量的，也可以是相對定量的。在轉錄組研究中，相對定量通常指的是通過比較不同樣品（如處理組與對照組）之間的基因表達水平差異來分析基因的表達變化。 轉錄組研究通常使用兩種主要技術：微陣列（DNA芯片）和高通量測序（如RNA-Seq）。這兩種技術都可以用來進行相對定量分析： 1

• • 做酵母BY4741，庫裏只有酵母S288C，這個可以作爲轉錄組測序的參考基因組嘛？

  BY4741和S288C都是酵母Saccharomyces cerevisiae的常見實驗菌株。S288C是酵母的參考菌株，它的基因組序列是最先被測定的，並且在很多基因組工具和數據庫中被廣泛使用作爲參考。而BY4741是一個從S288C衍生出的haploid菌株，用於多種基因組學研究，包括基

• • 關於轉錄組測序雙端測序的問題，轉錄組測序時，pair end 雙端測序時，用FPKM計算爲什麼小於等於RPKM的2倍？

  RPKM（Reads Per Kilobase of transcript, per Million mapped reads）和FPKM（Fragments Per Kilobase of transcript, per Million mapped reads）都是轉錄組數據分析中用於標

• • 單細胞轉錄組數據的counts，TPM，log-TPM的概率分佈都是怎樣的?

  1.Counts（計數）： Counts是指在每個基因上觀察到的RNA分子的數量。它是通過對測序數據進行基因定量得到的。 在單細胞轉錄組數據中，counts的概率分佈通常是離散的，因爲它是整數值。每個基因的counts值可以從0開始一直到非常高的數字。 在一個細胞中，每個基因的counts

• • 請問轉錄組測序中，三組數據兩兩進行比較應該怎麼繪製熱圖啊？?

  在轉錄組測序中，如果你有三組數據並想進行兩兩比較，可以參考以下步驟： 1.數據預處理： 首先，對原始的轉錄組測序數據進行質控和過濾，去除低質量的reads和可能的污染。 然後，使用合適的對齊和拼接工具將測序數據比對到參考基因組上，得到每個基因的表達水平。 最後，對錶達矩陣進行歸一化處理，

• • 請問轉錄組測序，不同物種中的某些特定基因的基因表達量該怎麼計算？

  計算不同物種中特定基因的表達水平，可以參考一下方法： 1.質量控制和數據清理: 使用質量控制工具（例如FastQC）對原始測序數據（FASTQ文件）進行評估，以檢查測序質量，重複內容，接頭污染等。 基於質量控制報告，用序列清理工具（例如Trimmomatic或cutadapt）去除低質量

• • 轉錄組測序，同一個測序文件，高度相似的兩個基因的fragment計數是不是應該差不多？已解決，謝謝。？

  對於同一個測序文件中的兩個高度相似的基因，它們的fragment計數可能會有所不同，這取決於多個因素： 1.基因的長度和結構： 基因的長度和結構可能會影響其在轉錄組測序中的fragment計數。較長的基因可能會產生更多的fragments，從而導致其fragment計數較高。此外，基因的結

• • 請問老師我們在轉錄組測序中怎麼篩選出保護酶基因？

  在轉錄組測序數據中篩選保護酶基因，可以通過以下步驟實現： 1.基因註釋: 使用基因組或轉錄組註釋數據庫來獲取關於已知保護酶的信息。這些數據庫包括基因名稱、功能描述等，可以幫助你確定哪些基因編碼保護酶。 2.關鍵詞搜索: 在轉錄組數據的基因註釋中搜索與“保護酶”、“抗氧化”等相關的關鍵詞或

• • 普通轉錄組測序的送樣要求是什麼？

  普通轉錄組測序的送樣要求主要包括： 1.樣品類型: 總RNA或富集的mRNA。 2.數量和質量: 足夠的RNA量（通常要求至少爲1-5 µg）。 高質量的RNA，通常使用RNA完整性數值（RIN）來評估，要求RIN通常在7.0以上。 3.純度: OD260/280比率通常在1.8-2.

• • 新手小白怎麼做轉錄組分析啊?

  對於新手來說，轉錄組分析可能看起來相當複雜，因爲它包括多個步驟和對生物信息學工具的使用。但是，通過分步驟學習和使用用戶友好的分析平臺，新手也可以開始進行基本的轉錄組分析。在進行實際的研究之前，可以適當利用Coursera、edX和YouTube上的免費資源，瞭解生物信息學和轉錄組分析的基礎。