opls-da中s-plot怎麼做
S-plot 是一種常用的視覺化工具,用於在OPLS-DA(或PLS-DA)分析中鑑定那些對類別區分最有貢獻的變數。S-plot 結合了負荷值和相關係數,變數以一種易於解釋的方式展示。以下是進行 S-plot 分析基本步驟:
1.資料準備:
首先,需你需要一個已經透過 OPLS-DA 分析的資料集,包括各個變數(比如代謝物、基因表達水平等)的測量值。
2.執行OPLS-DA模型:
使用OPLS-DA分析你的資料,建立一個模型,區分不同的實驗組或條件。通常涉及到計算得分、載荷以及模型的統計驗證(如交叉驗證、預測準確性等)。
3.提取模型引數
從OPLS-DA模型中提取相關引數,特別是載荷(p)和相關係數(p(corr))。載荷反映了變數對模型的貢獻,而相關係數表示變數與響應變數之間的相關性。
4.建立 S-plot:
使用提取的載荷和相關係數建立S-Plot。在S-Plot中,橫軸可以表示載荷(p),而縱軸表示標準化載荷(p(corr))。這樣的圖形有助於識別那些對區分不同類別(如疾病與健康狀態)最重要的變數。
5.結果分析:
在S-Plot中,位於兩端(即遠離原點)的變數是最重要的,因為它們顯示了與類別區分最相關的強訊號。高載荷值表明變數對模型有較大貢獻,而高相關係數表明變數與響應變數之間有強相關性。
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