轉錄組數據分析RNA-seq
RNA-seq（RNA測序）是一種先進的轉錄組研究技術，它利用高通量測序平臺來直接測量細胞中的RNA分子數量。這種技術能夠提供關於基因表達的定量資訊，包括未知基因的發現、已知基因的表達水平變化、以及可變剪接事件等。RNA-seq資料分析是一個複雜的過程，主要分為以下步驟：
1.資料質量控制：
檢查原始測序資料的質量，去除低質量的讀段（reads）。
2.序列比對：
將質量控制後的讀段與參考基因組或轉錄本資料庫比對，以確定它們的位置。
3.定量分析：
統計每個基因的讀段數，通常表達為FPKM（每千個鹼基的片段數每百萬對映讀數）或TPM（每百萬轉錄本的片段數）等標準化指標，以消除基因長度和測序深度的影響。
4.差異表達分析：
使用統計模型比較不同條件或組別之間的基因表達水平，確定差異表達基因。
5.生物學功能解釋：
對差異表達基因進行富集分析，包括基因本體（GO）分析和通路分析（如KEGG），以揭示這些基因在生物學上的作用。
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