RNA-Seq數據分析——原始數據質量控制(QC)
RNA-Seq原始資料質量控制(QC)是非常重要的一個環節，由於各種原因，例如測序平臺、實驗操作等，原始測序資料可能存在不少問題，如低質量讀段、接頭序列、汙染序列等。爲了確保後續分析的準確性，需要先進行質量控制。
一、常用工具：
常用的質量控制工具有FastQC、MultiQC等，這些工具能提供測序資料的基本統計資訊和質量報告。
二、QC主要步驟：
1.基本統計：
統計讀段數量、平均長度等。
2.質量評分：
評估測序讀段的質量分佈，通常使用Phred質量分數。
3.接頭和汙染序列檢測：
查詢和去除可能的接頭序列和其他非目標序列。
4.GC含量分佈：
檢查GC含量的分佈，以判斷潛在的偏見或汙染。
5.重複序列分析：
評估重複讀段的比例，高重複率可能意味著PCR偏見。
6.去除低質量讀段：
基於設定的質量閾值去除低質量的讀段。
7.後續步驟：
完成質量控制後，通常會進行比對、定量和差異表達分析等後續步驟。
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