怎麼將轉錄組測序數據上傳GEO?
將轉錄組測序資料上傳到GEO(Gene Expression Omnibus)資料庫的步驟如下:
1.註冊GEO賬號:
在上傳資料之前,你需要在GEO資料庫上註冊一個賬號。可以透過訪問GEO網站(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/)並點選“Register”按鈕來完成。
2.建立一個GEO系列:
在登入GEO賬號後,你需要建立一個GEO系列(GEO Series)來儲存你的轉錄組測序資料。點選“Submit”按鈕,然後選擇“New GEO Series”選項。
3.填寫後設資料:
在建立GEO系列時,你需要填寫一些後設資料,用於描述你的實驗和資料。這些後設資料包括實驗設計、樣本資訊、測序平臺、數據處理方法等。確保提供準確和詳細的資訊,以便其他研究人員能夠理解和使用你的資料。
4.上傳資料:
在填寫完後設資料後就可以開始上傳轉錄組測序資料了。點選“Submit”按鈕,然後選擇“Data”選項。在這一步,你需要上傳FASTQ格式的測序資料檔案。你可以選擇將資料檔案直接上傳到GEO資料庫,或者提供一個下載連結。
5.資料驗證:
在上傳資料後,GEO資料庫會對你的資料進行驗證。這個過程通常需要一些時間,具體時間取決於資料的大小和伺服器的負載情況。一旦資料驗證透過,它們將被新增到你的GEO系列中。
6.資料釋出:
在資料驗證透過後,你可以選擇將你的轉錄組測序資料釋出到公共資料庫中,以供其他研究人員使用。點選“Submit”按鈕,然後選擇“Publish”選項。在這一步,你需要提供一些關於你的資料的額外資訊,例如文章標題、摘要、關鍵詞等。
7.資料訪問:
一旦你的轉錄組測序資料被髮布,其他研究人員就可以在GEO資料庫中找到並訪問它們。他們可以透過搜尋功能或瀏覽資料庫中的資料集來找到你的資料。他們可以下載資料檔案,並使用它們進行後續的分析和研究。
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