轉錄組測序多少測序數據量合適?
轉錄組測序(RNA-seq)所需的測序資料量取決於你的實驗目標和研究型別,以下資料可供您參考:
1.基因表達定量:
對於基本的基因表達水平定量,通常每個樣本需要至少30-50 million paired-end reads。
2.差異表達分析:
進行差異表達分析時,通常建議至少20-30 million paired-end reads per sample,以便能夠可靠地檢測和定量表達水平差異。
3.新轉錄本發現和剪接變體分析:
如果目標是發現新轉錄本或分析剪接事件,則可能需要更高的測序深度,通常是至少50-100 million paired-end reads per sample。
4.稀有轉錄本檢測:
對於檢測低丰度轉錄本,可能需要更深的測序,例如100 million以上的paired-end reads。
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